Seine Weiterbildungszeit zum Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie absolvierte er zunächst an der Klinik für Neurologie des Städtischen Klinikums Braunschweig (Akademisches Lehrkrankenhaus der Medizinischen Hochschule Hannover) und anschließend an der Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie der Ludwig-Maximilans-Universität München. 2001 wechselte er als Oberarzt an die Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie der Charité - Universitätsmedizin Berlin (Campus Mitte), wo er sich auch habilitierte. 2005 folgte die Ernennung zum Chefarzt der Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie der Kliniken Essen-Mitte. Wissenschaftlich leitet Herr PD Dr. Schäfer zwei Forschungsgruppen an der Charité Berlin (Klinik für Psychiatrie am Campus Charité Mitte; Direktor: Prof. Dr. A. Heinz), die sich u. a. mit Suchterkrankungen (Alkoholtherapie, Hepatitis C Infektionen bei intravenös Drogenabhängigen), psychopharmakologischen Themen (Pharmakogenetik, Ursachen und Risiken von unerwünschten Wirkungen von Neuroleptika, Interferon-alpha induizierte psychiatrische Syndrome, exzitotoxischer Zelltod, Neuroprotektion bei Psychosen etc.) sowie psychoimmunologischen Fragestellungen (Immunsystem bei Depressionen und Manien, Depressionen bei Immuntherapien) beschäftigen.
